Vraagje over junk DNA.

Menswetenschappen, natuurwetenschappen, cultuurwetenschappen, formele wetenschappen, toegepaste wetenschappen, interdisciplinair, ...

Vraagje over junk DNA.

Berichtdoor Fish » 01 okt 2008, 15:13

Heeft iemand een link naar, of de wetenschap wat beteft Junk DNA.
Ik hoorde van iemand dat hoe complexer het individu, hoe meer junk DNA. Is dit waar?
Voor DNA zelf gaat dit blijkbaar niet op omdat een Amoebe zo'n 200 maal de hoeveelheid DNA van een mens heeft. :?
Avatar gebruiker
Fish
 
Berichten: 187
Geregistreerd: 25 nov 2007, 22:12

Berichtdoor Heeck » 01 okt 2008, 15:53

Fish,

Met de goegel krijg je al meer dan te belezen valt.
Begin hier eens:
http://en.wikipedia.org/wiki/Junk_DNA

Roeland
Begrip is een waan met een warm gevoel, dus MIJDT SPIJT.
www.edge.org
Avatar gebruiker
Heeck
 
Berichten: 6546
Geregistreerd: 20 okt 2006, 22:09
Woonplaats: Leeuwarden

Berichtdoor Fish » 01 okt 2008, 16:56

Dank voor de snelle reactie Roeland, dat artikel in Wiki is mij bekend, maar gaat dat niet over Human junk DNA?

Dit stukje vooral brengt mij in verwarring:
While overall genome size, and by extension the amount of junk DNA, are correlated to organism complexity, it is not a solid rule of thumb. For example, the genome of the unicellular Amoeba dubia has been reported to contain more than 200 times the amount of DNA in humans"

Bedenk even dat ik niet meer ben dan een 'zeer' geintresseerde leek, en niet wetenschappelijk geschoold. :?
Hebben eencellige (Amoebe)bijvb junk DNA, of alleen de 'hogere' levensvormen?

PS: Ik begrijp ondertussen ook dat junk niet meer zuiver junk is.
Avatar gebruiker
Fish
 
Berichten: 187
Geregistreerd: 25 nov 2007, 22:12

Berichtdoor Heeck » 01 okt 2008, 17:16

Fish schreef:Dank voor de snelle reactie Roeland, dat artikel in Wiki is mij bekend, maar gaat dat niet over Human junk DNA?
Bedenk even dat ik niet meer dan een 'zeer' geintresseerde leek, en niet wetenschappelijk geschoold. :?
Hebben eencellige bijvb junk DNA, of alleen de 'hogere' levensvormen?

PS: Ik begrijp ondertussen ook dat junk niet meer zuiver junk is.


Fish,

Dat leek-zijn hebben we dan gemeen en dat heeft voor ons beiden tot gevolg dat je je voor een onderwerp dat je interesseert echt moet inspannen.
1)
Jazeker is er junk-DNA bij ander leven dan mensen. Heel simpel te bedenken omdat mensen biologisch gewoon onder de mensapen vallen.
Zelfzoek-hulp: Ga gewoon eens met goegel op pad en ga zoeken met "junk + dna + kikker" vervang kikker door "vissen", doe het eens in het engels; dat levert vaak veel meer "hits".
2)
Een- en weinigcelligen hebben nog veel meer in hun mars: opnemen van soortvreemd DNA.. zomaar. Maar wel daarmee het effect dat ze niet gevangen zitten binnen dom copiëren van hun persoonlijk DNA.
Virussen hebben weer een andere truuc. .. . eindeloos.

Excuus dat ik zo weinig paraat voor je heb, maar nog een laatste hint:
zoek met "genetics+bdelloid+rotifers+dna"
en zeker ook met
"genetics-dna viruses"

Goede vangst !

Roeland
Begrip is een waan met een warm gevoel, dus MIJDT SPIJT.
www.edge.org
Avatar gebruiker
Heeck
 
Berichten: 6546
Geregistreerd: 20 okt 2006, 22:09
Woonplaats: Leeuwarden

Berichtdoor tsjok45 » 02 okt 2008, 17:43

iets wat kan worden aanvaard zonder bewijs
kan worden verworpen zonder bewijs
Avatar gebruiker
tsjok45
 
Berichten: 109
Geregistreerd: 20 okt 2006, 21:29
Woonplaats: Gent

Berichtdoor Heeck » 02 okt 2008, 17:58

Tsjok,
Ik hoopte al stilletjes op je . . . .
Roeland
Begrip is een waan met een warm gevoel, dus MIJDT SPIJT.
www.edge.org
Avatar gebruiker
Heeck
 
Berichten: 6546
Geregistreerd: 20 okt 2006, 22:09
Woonplaats: Leeuwarden

Berichtdoor Seppe » 02 okt 2008, 19:01

De lengte van het DNA heeft niets te maken met wat je krijgt als eindresultaat.
Het is vooral de volgorde van de code dat bepaald wat je krijgt.

Verder is het ook nog zo dat men lang heeft gedacht dat de mens 95 % Junk DNA heeft, maar dit getal zou in werkelijkheid een pak lager liggen.
- Door mijn ongecencuseerde eerlijkheid, kan elke post van mij de laatste zijn. -
Seppe
 
Berichten: 688
Geregistreerd: 05 maart 2008, 22:43

Berichtdoor Faction Fictory » 02 okt 2008, 19:07

als je de vergelijking maakt met rekenen dan kun je't zo beschouwen.

Een plant heeft bvb 100 digits
Een eenvoudig organisme kan er 50 hebben maar ook wat plusjes en minnetjes
Een complex organisme heeft dus plussen minnen kwadraten vierkantswortels etc in zijn codes zitten die met de basic digits kunnen werken zodat met minder codons toch een veel grotere complexiteit verkregen wordt in het fenotype.

Een oversimplificatie uiteraard maar toch verduidelijkend denk ik.

Gr
Faction Fictory
 
Berichten: 1800
Geregistreerd: 04 mei 2008, 09:27

Berichtdoor Heeck » 02 okt 2008, 19:09

Seppe schreef:De lengte van het DNA heeft niets te maken met wat je krijgt als eindresultaat.
Het is vooral de volgorde van de code dat bepaald wat je krijgt.

Verder is het ook nog zo dat men lang heeft gedacht dat de mens 95 % Junk DNA heeft, maar dit getal zou in werkelijkheid een pak lager liggen.


Wie had het over lengte als bepalend voor resultaat ?
Verwijzing van Tsjok al gelezen ? Want daar zit een tabelletje in over % junk-DNA bij verschillende levensvormen. Tot de zeeraket toe.

Roeland
Begrip is een waan met een warm gevoel, dus MIJDT SPIJT.
www.edge.org
Avatar gebruiker
Heeck
 
Berichten: 6546
Geregistreerd: 20 okt 2006, 22:09
Woonplaats: Leeuwarden

Berichtdoor Seppe » 02 okt 2008, 19:17

Heeck schreef:
Wie had het over lengte als bepalend voor resultaat ?


Fish schreef:Voor DNA zelf gaat dit blijkbaar niet op omdat een Amoebe zo'n 200 maal de hoeveelheid DNA van een mens heeft. :?
- Door mijn ongecencuseerde eerlijkheid, kan elke post van mij de laatste zijn. -
Seppe
 
Berichten: 688
Geregistreerd: 05 maart 2008, 22:43

Berichtdoor Heeck » 02 okt 2008, 19:31

Touché
Volgende keer bij een antwoord de betreffende vraag erbij aanhalen ?

Maar. . ,. . al met al is Fish nu goed voorzien.
Roeland
Begrip is een waan met een warm gevoel, dus MIJDT SPIJT.
www.edge.org
Avatar gebruiker
Heeck
 
Berichten: 6546
Geregistreerd: 20 okt 2006, 22:09
Woonplaats: Leeuwarden

Berichtdoor Elennaro » 02 okt 2008, 22:19

Seppe schreef:De lengte van het DNA heeft niets te maken met wat je krijgt als eindresultaat.
Het is vooral de volgorde van de code dat bepaald wat je krijgt.

Verder is het ook nog zo dat men lang heeft gedacht dat de mens 95 % Junk DNA heeft, maar dit getal zou in werkelijkheid een pak lager liggen.

Goed gezegd Seppe! Niet het aantal is belangrijk, wel de volgorde.

Oké, laat me even proberen dit uit te leggen. Eerst en vooral ben ik min of meer een leek. Daarmee wil ik zeggen dat ik hier wel een cursus over gekregen heb vorig jaar in mijn opleiding, maar ik ben absoluut geen expert, en sta open voor verbetering.
Nu: als een algemene regel kan je stellen dat de totale hoeveelheid DNA stijgt naarmate het organisme complexer wordt. Bacteriën hebben bijna geen junk-DNA, mensen 25 tot 98%, afhankelijk van wat je als junk-DNA definieert (bron: Molecular Cell Biology 6e, Lodish et al, ook in de rest van mijn uitleg), maar daar kom ik later wel op terug.

De basis is ongeveer dit: hoe complexer het organisme, hoe meer genen. Dit geldt tot op een zeker niveau, daarna wordt de complexiteit eerder bepaald door de interactie van die genen met elkaar dan door de genen zelf. DNA aanmaken kost een cel nogal veel energie. Dat wil dus zeggen dat bacteriën hun DNA moeten beperken tot het nuttige om de strijd om te overleven te overleven (pun not intended). Voor zoogdieren geldt dit veel minder, omdat hun energiekosten relatief veel meer van spieren, hersenen, etc. komen dan van DNA aanmaken, en omdat hun succes om zich voort te planten eerder van gedrag dan van energie afhangt. Dus is het logisch dat een mens meer junk-DNA heeft dan een bacterie. Maar deze regel is niet absoluut, dat bewijst de amoebe wel, die inderdaad hopen junk-DNA heeft.

Wat is junk-DNA? Eigenlijk bevat het menselijk genoom maar zo'n 5% genen. Van die 5% is minder dan de helft ook effectief coderend. Dat kleine deel is dus zeker geen junk-DNA. Hier begint het probleem. Er is ook namelijk ook niet-coderend DNA met een functie. Er zijn stukken DNA die bepalen wanneer en hoe sterk genen worden gebruikt door de cel, wat zeer belangrijk is, en stukken die belangrijk zijn om de chromosomen goed te laten werken. Dat is ook zeer belangrijk, maar dit zijn slechts heel kleine stukjes van het DNA. Ik zou dit geen junk-DNA noemen.

Zo'n 95% van het menselijk genoom heeft geen echte functie (meer) in een menselijk lichaam, en kan er ook geen (meer) hebben. Een serieus deel hiervan bestaat zelfs uit erfelijk materiaal van virussen die zich hebben ingebed in ons genoom, en in de loop der tijd het vermogen tot ziek maken verloren hebben. Die 95% kan je dus in feite junk-DNA, omdat ze geen directe functie meer heeft.

En dat is het probleem. Er is maar 25% van het genoom dat bestaat uit zgn. "spacer DNA," willekeurig DNA met geen enkele bekende functie. Die andere 70% zijn ooit genen geweest, of virussen, of andere speciale stukken DNA waar ik hier nu niet verder op in ga gaan (PM maar als je geïnteresseerd bent). Die stukken DNA hebben geen echte functie meer, maar ze vergemakkelijken het dooreengooien van het DNA (op het mechanisme ga ik weer niet verder ingaan), en hebben dus het effect dat ze de evolutie versnellen. Voor bacteriën heeft dat niet zoveel nut, aangezien ze zich zo snel voortplanten, maar voor ons wel. Vandaar ook weer die grote hoeveelheid junk-DNA.

Dat was het zo ongeveer. Ik hoop dat het een beetje duidelijk is, zo niet kan je altijd een PM sturen.
Ceci n'est pas une signature.
Elennaro
 
Berichten: 870
Geregistreerd: 02 jan 2008, 01:30

Berichtdoor Fish » 02 okt 2008, 23:18

Ok, bedank allen. Ook Tsjok voor zijn links de meeste, maar niet allemaal, had ik al in mijn favorieten. :)
Ik zal even de achtergrond van mijn vraag uitleggen. Ik ben op een ander forum (eenvandaag) in een discussie met iemand die niet religieus is maar wel in een soort van ID geloofd, beetje ingewikkelde discussie partner omdat ik maar moeilijk achter zijn drijfveren kan komen.
Mijn vraag was een gevolg van dit argument van hem:
Genetica heeft inmiddels aangetoond dat het DNA-overdracht meer omvattender blijkt dan slechts het overdragen van een omgevingsfactor alleen. Epigenetica toont aan dat het DNA zichzelf kan wijzigen op grond van een non-lokale factor. De mate van de hoeveelheid junk-DNA bewijst de complexiteit van het organisme. Hoe meer junk-DNA aanwezig is hoe complexer het organisme. Waarom, als we spreken van een 'toevalligheidsfactor'? De enorme complexiteit en de overdracht van informatie tussen de cellen onderling die zichzelf op 10-23ste seconde afbreken en weer opbouwen geeft een precieze werking aan die ons bevattingsvermogen van verre overschrijdt en het toevalligheidsprincipe mijnsinziens ondermijnt.

Hij denkt ook dat bewustzijn van buiten komt, dus niet sterft met het lichaam. En hij verwerpt zoals jullie zien het toevalligheidsprincipe van Darwin.
Maar ik was ondertussen ook al ergens anders gaan winkelen (soms voel ik me een parasiet van andermans intelect :? ) en kreeg daar dit antwoord:
gedeelte van mijn vraag;Does this mean the Amoeba also has a comparable (or more) amount of junk DNA as humans have?
Antwoord: I'm not specifically familiar with that example, but it may mean that the Amoeba in question has more non-gene-coding (i.e. "junk") DNA than a human cell would. There are a couple things to keep in mind here:

1. Organisms have different "ploidies" -- that is, they carry different numbers of copies of their individual chromosomes. A normal human cell has two copies of each autosome, as well as two sex chromosomes -- we'd say it's diploid, or that the ploidy is 2. Many organisms have higher ploidies, carrying quite a few copies of the same chromosomes. As far as I can tell from a quick review of genome databases and the biomedical literature, Amoeba dubia hasn't been sequenced, and it looks like the estimate of its genome "size" comes from an analysis of its biochemical composition. Thus, it's possible that A. dubia has more DNA per cell than a human cell would, but that that DNA comprises many copies of the exact same stuff. The net result would be more "junk" DNA in absolute terms than human, but perhaps less "junk" DNA per chromosome.

2. A. dubia hasn't been sequenced, so we have no idea how many genes it has. The ratio of gene-coding to non-gene-coding DNA varies from organism to organism. Bacteria are highly "efficient" in terms of having mostly coding DNA, for example, whereas humans have a lot of noncoding stuff in there. We won't know until dubia is sequenced what percentage of its DNA codes for genes, and what doesn't, so we can't say for sure that even with a bigger genome than a human cell (if that's true) that it'll have more "junk" DNA.

3. You'll notice I keep putting "junk" in quotes. As our understanding of biology grows, we see that more of the non-gene-coding parts of our DNA still do useful things. Some DNA may serve a direct structural role, keeping parts of the DNA "pinned" into regulatory units. Some DNA may code for hard-to-identify RNA genes. Some DNA is also pretty much "junk" in the sense that it's genes that have mutated such that they no longer function, or the skeletal remains of viruses that have infested us over the years. But our image of what is or isn't "junk" keeps changing over time, as new data falsifies old hypotheses and forces us to come up with more accurate models.


Draadje gaat nog even verder voor de geinteresseerden:
http://forums.randi.org/showthread.php?t=125347
Avatar gebruiker
Fish
 
Berichten: 187
Geregistreerd: 25 nov 2007, 22:12

Berichtdoor Heeck » 03 okt 2008, 08:41

Fish,

Je sparringpartner laat het belangrijkste van Darwin weg:
Recombinatie van dna en vooral de selectie(druk) door de omstandigheden die tot gevolg heeft dat een blind paard het moeilijker heeft dan een ander, wat op den duur het aantal blinde paarden laat afnemen.
Zijn de dna-fouten grover, dan is de botte levensvatbaarheid al te klein om het tot een jong te brengen.

Maar ja je dacht laat ik op SKEPP eens ammunitie halen :lol: :lol:

"Talkorigins" heb je dus al als naslag neem ik aan ?
Mooie manier om jezelf te dwingen tot nadenken; gewoon de discussie aangaan.

Roeland
Begrip is een waan met een warm gevoel, dus MIJDT SPIJT.
www.edge.org
Avatar gebruiker
Heeck
 
Berichten: 6546
Geregistreerd: 20 okt 2006, 22:09
Woonplaats: Leeuwarden

Berichtdoor Fish » 03 okt 2008, 10:19

Heeck schreef:Fish,

Je sparringpartner laat het belangrijkste van Darwin weg:
Recombinatie van dna en vooral de selectie(druk) door de omstandigheden die tot gevolg heeft dat een blind paard het moeilijker heeft dan een ander, wat op den duur het aantal blinde paarden laat afnemen.
Zijn de dna-fouten grover, dan is de botte levensvatbaarheid al te klein om het tot een jong te brengen.

Maar ja je dacht laat ik op SKEPP eens ammunitie halen :lol: :lol:

"Talkorigins" heb je dus al als naslag neem ik aan ?
Mooie manier om jezelf te dwingen tot nadenken; gewoon de discussie aangaan.

Roeland


Ja, sinds ik mij op forums over evolutie uitlaat heb ik meer geleerd dan in de 40 jaar ervoor.
Druk met werken en kinderen grootbrengen.
Ik heb me door Darwin's Over Het Ontstaan Der Soorten geworsteld (mijn fantasie gaat elke keer op de loop) en ben nu halverwege De Vis In Ons van Neil Shubin.
Dat leest een stuk makkelijker moet ik zegen.
Avatar gebruiker
Fish
 
Berichten: 187
Geregistreerd: 25 nov 2007, 22:12

Berichtdoor Blueflame » 03 okt 2008, 10:31

Je kan misschien ook hier <link hieronder > eens een kijkje nemen ?!

viewforum.php?f=17

Mvg.
Nonsense is our core business
Avatar gebruiker
Blueflame
Site Admin
 
Berichten: 4139
Geregistreerd: 20 okt 2006, 12:43

Berichtdoor Heeck » 03 okt 2008, 12:07

Fish,

Idd een onuitputtelijke leidraad !
Je leeslijst zal wel lang zijn, maar zet daar zeker
"The Selfish Gene" van Dawkins op. Let op de laatste bijgewerkte editie te nemen.
Ook "Evolutie" door Carl Zimmer, die je vast 2e-hands kunt krijgen.

En als je een nog beter idee wilt krijgen van de indringende gevolgen van Darwin zijn ideeën:
"Darwins dangerous idea" door Daniel Dennet die daar de mooie uitdrukking "Darwins acid" introduceert.

Veel plezier
Roeland
Begrip is een waan met een warm gevoel, dus MIJDT SPIJT.
www.edge.org
Avatar gebruiker
Heeck
 
Berichten: 6546
Geregistreerd: 20 okt 2006, 22:09
Woonplaats: Leeuwarden

Berichtdoor Fish » 03 okt 2008, 12:34

Blueflame schreef:Je kan misschien ook hier <link hieronder > eens een kijkje nemen ?!

viewforum.php?f=17

Mvg.

Ja, gebruik het forum als een soort bieb. :wink:
Avatar gebruiker
Fish
 
Berichten: 187
Geregistreerd: 25 nov 2007, 22:12

Berichtdoor Fish » 03 okt 2008, 12:35

Heeck schreef:Fish,

Idd een onuitputtelijke leidraad !
Je leeslijst zal wel lang zijn, maar zet daar zeker
"The Selfish Gene" van Dawkins op. Let op de laatste bijgewerkte editie te nemen.
Ook "Evolutie" door Carl Zimmer, die je vast 2e-hands kunt krijgen.

En als je een nog beter idee wilt krijgen van de indringende gevolgen van Darwin zijn ideeën:
"Darwins dangerous idea" door Daniel Dennet die daar de mooie uitdrukking "Darwins acid" introduceert.

Veel plezier
Roeland


Zal ik zeker op mijn lijst zetten, Dawkins staat er al op.
Avatar gebruiker
Fish
 
Berichten: 187
Geregistreerd: 25 nov 2007, 22:12

Berichtdoor Heeck » 03 okt 2008, 13:29

Fish,

Dennett geeft zelf les over "Darwins Dangerous idea" op youtube:


http://video.google.nl/
en zoek daar met: dennett+62+dangerous
De eerste 15 van de 62 minuten al heeft hij de zaak zo scherp neergezet dat je daar gelijk wat aan hebt voor je andere forum.

Roeland
Laatst bijgewerkt door Heeck op 03 okt 2008, 13:32, in totaal 1 keer bewerkt.
Begrip is een waan met een warm gevoel, dus MIJDT SPIJT.
www.edge.org
Avatar gebruiker
Heeck
 
Berichten: 6546
Geregistreerd: 20 okt 2006, 22:09
Woonplaats: Leeuwarden

Berichtdoor Faction Fictory » 03 okt 2008, 13:30

Dawkins schreef ook 'het verhaal van onze voorouders' een reis terug in de tijd met 'stops' bij cruciale common ancestors.

Gr
Faction Fictory
 
Berichten: 1800
Geregistreerd: 04 mei 2008, 09:27


Keer terug naar Wetenschap

Wie is er online

Gebruikers op dit forum: Geen geregistreerde gebruikers. en 1 gast